Insiden 13 Mei 1969 telah membawa kepada pengisytiharan Darurat oleh DYMM YDP Agong pada 15 Mei 1969 di bawah Perkara 150 Perlembagaan Persekutuan. Pengisytiharan tersebut telah memberi kuasa kepada Majlis Gerakan Negara (MAGERAN) yang telah ditubuhkan untuk membantu YAB Perdana Menteri merangkap Pengarah Gerakan Negara bagi mengukuhkan keselamatan awam, pertahanan negara dan memelihara ketenteraman awam, bekalan-bekalan dan perkhidmatan-perkhidmatan penting negara dalam usaha memulihkan negara kepada keadaan aman dan harmoni.
MAGERAN telah dibubarkan pada tahun 1971. Walau bagaimanapun, ancaman pengganas komunis yang masih berterusan dan bagi mengelakkan berulangnya insiden perselisihan kaum pada masa hadapan, Jemaah Menteri yang bersidang pada 23 Februari 1971 telah bersetuju untuk menubuhkan Majlis Keselamatan Negara (MKN) secara rasminya pada 7 Julai 1971. Jemaah Menteri dalam mesyuarat Bil. 83/750/71 pada 31 Julai 1971 telah menghuraikan peranan MKN seperti berikut:
βSince the future racial peace in this country depends on how well the government handles the sensitive issues, it is suggested that the NSC shall be the body to look into the matterβ.
Oleh yang demikian, MKN bertanggungjawab menyelaraskan dasar-dasar berkaitan keselamatan negara dan arahan mengenai langkah-langkah keselamatan termasuk gerakan-gerakan keselamatan, ketenteraman awam dan perkara-perkara melibatkan keselamatan secara langsung di seluruh negara di peringkat persekutuan, negeri dan daerah. MKN juga menjadi badan bertanggungjawab membantu Majlis Tindakan Negara (MTN) dalam perkara-perkara berkaitan keselamatan.
Sejak penubuhannya, sebanyak 21 Arahan MKN telah dikeluarkan bagi menangani pelbagai ancaman-ancaman keselamatan semasa seperti kebanjiran pelarian Vietnam dan pendatang asing tanpa izin, kerjasama dua hala keselamatan dan pembangunan sempadan, penyeludupan, kawalan keganasan, ketenteraman awam serta pengurusan krisis dan bencana.
MKN adalah sebuah agensi peneraju yang menyelaras dasar berkaitan keselamatan sejak penubuhannya pada 1971. Punca kuasa kepada MKN adalah Arahan MKN No. 1 yang bersandarkan kepada Akta Darurat (Kuasa-Kuasa Perlu) 1979 yang menjelaskan pembentukan dan tanggungjawab Majlis Keselamatan Negara. Pada asasnya, MKN bertanggungjawab menyelaraskan dasar yang berkaitan untuk keselamatan negara dan arah tuju hal-hal keselamatan. Struktur dan mekanisme keselamatan ini juga diguna pakai di peringkat negeri, daerah dan kampung.
Pada 11 Mac 1982, Arahan MKN No 12: Pemerintahan dan Kawalan Perkara-Perkara Keselamatan dikeluarkan bagi menggantikan Arahan No.9 dan Arahan MKN No 1: Mengenai Penubuhan Majlis Keselamatan Negara. Arahan MKN No. 12 ini adalah Arahan induk terpakai sehingga sekarang dengan disokong oleh beberapa arahan lain bergantung kepada keperluan semasa.
Pelbagai jawatankuasa telah ditubuhkan bagi membantu MKN dalam pelaksanaan fungsi-fungsinya. Jawatankuasa-jawatankuasa ini meliputi semua aspek keselamatan negara. Sebagai contoh, jawatankuasa keselamatan dan pembangunan untuk sempadan Malaysia-Thailand (KESBAN). Matlamat jangka panjang KESBAN adalah bagi melindungi keselamatan dan mengekalkan kestabilan sosio-ekonomi dalam kawasan sempadan Malaysia dan Thailand. Jawatankuasa-jawatankuasa lain adalah Jawatankuasa Perisikan Negara, Jawatankuasa Perancang Gerakan, Jawatankuasa Geraksaraf dan Perangsaraf, Jawatankuasa Kawalan Ketenteraman Awam, Jawatankuasa Am Sempadan (Malaysia-Thailand dan Malaysia-Indonesia) dan Jawatankuasa Kawalan Keganasan.
Tanggungjawab terhadap jawatankuasa-jawatankuasa ini dijalankan oleh sepuluh bahagian yang ditubuhkan di bawah MKN. MKN diketuai oleh Setiausaha dan dibantu oleh Timbalan Setiausaha. Struktur pengurusan atasan ini disokong oleh Penasihat Undang-Undang, Juruaudit Dalaman dan Setiausaha-Setiausaha Bahagian. Satu lagi unit khas MKN adalah Pasukan Petugas Khas Persekutuan untuk Sabah dan Labuan (PPKP S/L) yang ditubuhkan khusus bagi pengurusan pendatang asing tanpa izin di sana. Bagi memastikan keselamatan negara adalah dikendalikan secara holistik, setiap negeri di Malaysia mempunyai Majlis Keselamatan Negara peringkat negeri yang diketuai oleh Setiausaha Keselamatan Negeri dan Setiausaha Keselamatan Daerah (SKD) bagi daerah-daerahnya. Mekanisme ini akan menyediakan MKN dengan kapasiti yang efektif bagi menangani apa jua isu berkaitan keselamatan daripada peringkat akar umbi.
Terdapat 21 arahan dikeluarkan oleh MKN sejak tahun 1971. Arahan yang kerap digunakan adalah Arahan MKN No. 20 yang menggariskan dasar dan mekanisme pengurusan dan bantuan bencana negara. Arahan ini digubal berikutan beberapa peristiwa bencana termasuk tragedi Highland Towers pada Mei 1994.
Antara arahan MKN yang terbaru adalah Arahan MKN No. 21 yang menggariskan mekanisme pengurusan ancaman ketenteraman awam. Ancaman-ancaman ketenteraman awam boleh menjadi pemangkin kepada sesuatu yang lebih berbahaya dan mengancam kestabilan dan keselamatan negara. Dalam arahan ini, ancaman ketenteraman awam adalah ditakrifkan sebagai insiden atau rusuhan-rusuhan sama ada dirancang atau dengan spontan yang dicetuskan oleh kumpulan agama, politik, perkauman, ekonomi atau sosial.
Arahan MKN yang baru akan dikeluarkan dari semasa ke semasa bagi menghadapi ancaman dan cabaran keselamatan pada masa kini dan mendatang seperti ancaman non-traditional antaranya hak asasi manusia, pemanasan global, ancaman ekonomi dan jenayah rentas sempadan.